Ciencias Biológicashttps://hdl.handle.net/10946/1972024-03-29T07:08:04Z2024-03-29T07:08:04ZDetection of genes related to antibiotic resistance in LeptospiraPineda, Santiagohttps://hdl.handle.net/10946/82622024-02-08T07:46:23Z2024-02-07T00:00:00ZDetection of genes related to antibiotic resistance in Leptospira
Pineda, Santiago
Leptospirosis is a disease caused by the bacteria of the Leptospira genus, which can be usually acquired by humans through contact with urine from infected animals, which can also contaminate soils and bodies of water. The disease can have deadly consequences in some extreme cases. Fortunately, until now, this disease is easily treated with doxycycline and azithromycin. Currently, with the extensive use of such medications, more bacteria such as Staphylococci and Enterococci are becoming resistant. The purpose of this study is to determine the presence of genes related to antibiotic resistance in Leptospira genus using bioinformatic tools, which has not been undertaken in the past. Whole genomes from the 69 described Leptospira species were downloaded from NCBI’s GeneBank and analyzed using CARD (The Comprehensive Antibiotic Resistant Database) and RAST (Rapid Annotations using Subsystem Technology). After a detailed search, 12 genes associated with four mechanisms were found: resistance to beta lactamases, vancomycin, and aminoglycoside adenylyltransferases, as well as multiple drug efflux pumps. Some of these genes are highly polymorphic among different species and some of them are present in multiple copies in the same species. In conclusion, this study could potentially be the starting point for new in vitro studies to increase the overall understanding of resistance in the Leptospira genus.
2024-02-07T00:00:00ZTraits to cope with drought: Functional responses to water limitation in seedlings of five dominant Tropical Andean speciesVasquez-Bedoya, ManuelaVillegas, Juan CamiloQuintero-Vallejo, Estelahttps://hdl.handle.net/10946/81652023-12-02T07:46:06Z2023-11-20T00:00:00ZTraits to cope with drought: Functional responses to water limitation in seedlings of five dominant Tropical Andean species
Vasquez-Bedoya, Manuela; Villegas, Juan Camilo; Quintero-Vallejo, Estela
Extreme drought events are expected in Tropical Andean forests, placing their diversity and ecosystem function at risk. The persistence of forests in the face of climate change depends on how trees respond to drought at different ontogenetic stages. The seedling stage is crucial for population turnover in forests and, therefore, understanding seedling strategies to cope with drought is essential for assessing the vulnerability of Andean Forests. However, limited research has been conducted to evaluate these strategies in native seedling species. Drought resistance can be assessed by measuring aboveground plant functional traits, which are related to water use. In this study, we evaluate how five dominant seedlings species from the tropical Andean respond to water limitation by measuring functional traits on leaves and stems. We conducted a greenhouse drought experiment with successive drydown curves after water pulses on Quercus humboldtii, Croton magdalenensis, Clusia sp., Erythrina edulis, and Meriania nobilis using water limitation treatments based on different levels of plant-available water (PAW): field capacity, 80% and 50% PAW, and total moisture exclusion. Our results suggest differences in vulnerability to drought, but a general decrease in seedling performance. Notably, (i) species exhibited differences in response to different drought conditions; (ii) Shoot water content is associated with seedling mortality and performance and (iii) Aboveground functional traits response to drought showed a pattern that can be associated with drought strategies. The avoidant strategy was associated with high aboveground tissue investment, high specific leaf area, and high shoot water content, whereas the tolerant strategy was associated with low water potential, low specific leaf area, and low shoot water content. These results are important for understanding the different responses that native Andean plants use to face water limitations. This information is useful for projecting forest resilience under climate change and can be used to strengthen climate change adaptation management.
2023-11-20T00:00:00ZEstablecimiento del perfil catabólico de los flavanoles de cacao generados por la microbiota colónica humanaSalazar Serrano, Danielahttps://hdl.handle.net/10946/79852023-11-21T08:08:27Z2023-11-16T00:00:00ZEstablecimiento del perfil catabólico de los flavanoles de cacao generados por la microbiota colónica humana
Salazar Serrano, Daniela
Contexto: En los últimos años, los estudios sobre el cacao han aumentado considerablemente debido a su relación en la prevención de enfermedades no transmisibles, efectos principalmente atribuidos a la (+)-catequina y (-)-epicatequina; antocianinas; y procianidinas. Sin embargo, debido a la baja biodisponibilidad en el caso de los monómeros y al alto peso molecular de las procianidinas, una gran proporción de estos compuestos llegan al colon en donde son biotransformados por la microbiota colónica generando catabolitos que son absorbidos y distribuidos a tejidos y órganos donde ejercen su actividad biológica. En este proyecto, nuestro objetivo fue analizar y caracterizar el perfil de catabolitos derivados del catabolismo microbiano de la catequina, principal compuesto del cacao, en muestras de heces humanas, mediante un método estándar 4-dimetilaminocinamaldehído (DMAC) validado y cromatografía gaseosa acoplada a espectrometría de masas.
Metodología: Se realizó un estudio piloto con 8 voluntarios sanos, los cuales proporcionaron muestras fecales con las que se prepararon lodos y se simularon condiciones intestinales en un sistema biorreactor. Se extrajeron los flavan-3-oles de las muestras fecales y se cuantificaron utilizando el método DMAC. Además, se analizaron catabolitos en las muestras fermentadas mediante GC/MS. Se evaluaron parámetros de rendimiento de los métodos analíticos, incluyendo linealidad, precisión, exactitud, límites de detección y cuantificación. Se llevaron a cabo análisis estadísticos que incluyeron un ANOVA de dos vías y una prueba post-hoc de Mann-Whitney con el fin de comparar los efectos de la microbiota intestinal en la degradación de la catequina. Además, se aplicó un análisis multivariado con el objetivo de identificar variables discriminantes en relación con los factores experimentales.
Resultados: Se validó el método DMAC para cuantificar la concentración de catequina en las muestras de lodos fecales durante la fermentación, con el propósito de investigar posibles procesos de metabolismo microbiano. Además, se empleó la técnica de cromatografía de gases acoplada a espectrometría de masas para caracterizar el perfil de 11 catabolitos generados a partir de la bioconversión de compuestos parentales. Mediante análisis discriminantes tipo PLS-DA y OPLS-DA, se identificó un conjunto de 7 compuestos, incluyendo el ácido dihidroferúlico (3,4-DHFA), ácido p-hidrocumárico (3,4-HPPA), ácido benzoico (BA), ácido sinápico (SinA), ácido hidrocinámico (HCA), catecol y ácido m-salicílico (3-HBA), que reflejaron la actividad degradativa del microbioma sobre la catequina, lo que sugiere un proceso significativo de transformación metabólica en este flavanol durante la fermentación.
Conclusiones: El estudio validó con éxito el método DMAC para medir la concentración de catequina en muestras de lodos fecales, proporcionando una herramienta importante para investigar el metabolismo microbiano de este flavanol y posiblemente otros en el contexto de la microbiota intestinal. Los resultados revelaron una disminución significativa en la concentración de catequina a lo largo del tiempo, respaldando la hipótesis de que la microbiota descompone este compuesto. Así mismo, el uso de la cromatografía de gases acoplada a espectrometría de masas permitió la identificación de 7 metabolitos discriminantes en el metabolismo microbiano de la catequina. En conjunto, estos hallazgos permiten la comprensión de las interacciones de los compuestos fenólicos con la microbiota intestinal y sugiere la posibilidad de desarrollar intervenciones nutricionales basadas en la microbiota, abriendo nuevas oportunidades en el área de investigación clínica.
2023-11-16T00:00:00ZInferencias sobre la historia evolutiva y la estructura poblacional de las palmas de cera andinasCarvalho Madrigal, Sarahttps://hdl.handle.net/10946/77542023-10-10T07:38:59Z2023-10-06T00:00:00ZInferencias sobre la historia evolutiva y la estructura poblacional de las palmas de cera andinas
Carvalho Madrigal, Sara
El continuo de especiación es el proceso por el que los grupos genéticos divergen hasta alcanzar el aislamiento reproductivo. Se ha vuelto común en la literatura mostrar que este proceso es gradual y fluctuante, con eventos de contacto secundario e introgresión una vez iniciada la divergencia. El nivel de divergencia varía entre regiones genómicas debido, entre otras cosas, a las diferentes fuerzas y roles de la selección desempeñados por las regiones compartidas. Mediante captura híbrida, secuenciamos unas 4000 regiones nucleares en poblaciones de 6 especies de palmeras de cera, de las cuales 5 forman un grupo monofilético (género Ceroxylon, Arecaceae: Ceroxyloideae). Demostramos que en este grupo, las diferentes poblaciones muestran diversos grados de hibridación introgresiva, y dos de ellas son claramente retrocruzamientos de las otras 3 especies "puras". Esto es particularmente interesante en vista de que estas 3 especies son dioicas, tienen un polinizador principal compartido y temporadas reproductivas ligeramente solapadas, pero morfologías altamente divergentes. Estas especies divergen bajo selección positiva y de fondo en alopatría, pero luego hibridan debido al contacto secundario y a barreras reproductivas ineficaces, un proceso que mantiene la diversidad genética. Sin embargo, las regiones introgresadas no suelen estar bajo selección. El nivel de hibridación introgresiva es mayor en las poblaciones periféricas en expansión y, por tanto, es probable que esté modulado por efectos demográficos más que por presiones selectivas. En general, estas especies podrían funcionar como un "singameon evolutivo" en el que poblaciones en expansión, pequeñas y aisladas, se benefician del cruce con individuos disponibles de otras palmeras de cera. En el contexto andino, los taxones pueden beneficiarse de la variación obtenida de un segundo taxón o del aumento del tamaño de las poblaciones mediante la recreación de un fondo genético común.
2023-10-06T00:00:00Z