Aplicación de múltiples enfoques bioinformáticos en la identificación de aptámeros a partir de datos NGS post-SELEX para el diagnóstico de enfermedades tropicales: pasantía Baltymas lab (ICMT-CES)

Abstract

El trabajo de grado en modalidad pasantía en Baltymas Lab ICMT se enfocó en el fortalecimiento de competencias en biología molecular y análisis bioinformático, así como en la participación activa en proyectos de investigación relacionados con el desarrollo de aptámeros de ADN con aplicaciones en salud humana. Durante la pasantía, se llevaron a cabo diversas actividades experimentales, entre ellas PCR, electroforesis, y depleción de albúmina e inmunoglobulina G en muestras biológicas. También se participó en la síntesis de nanopartículas magnéticas. Posteriormente, se realizó análisis bioinformático aplicado a datos de secuenciación masiva (NGS), obtenidos a partir de SELEX. El análisis se centró en tres conjuntos de datos: Alondra, CH y SX. En el conjunto Alondra, se diseñó un aptámero sintético. En el conjunto CH, se identificaron variantes del aptámero CH1 capaces de interactuar con una región alterna de la subunidad alfa de la ATPasa de Trypanosoma cruzi. Por otro lado, el conjunto SX presentó limitaciones en el enriquecimiento de secuencias, por lo cual se recomendó repetir el protocolo SELEX bajo condiciones más estrictas. Además del trabajo técnico, se participó en clubes de revista, promoviendo la discusión científica y el fortalecimiento del pensamiento analítico. Esta pasantía representó un espacio formativo integral, en el que se integraron habilidades prácticas, teóricas y computacionales en un entorno real de investigación, contribuyendo tanto al avance de los proyectos del laboratorio como al desarrollo académico y profesional.